Nuevo doctor: Mukesh Bhendarkar

El pasado 20 de mayo Mukesh Bhendarkar presentó su tesis doctoral titulada “Advancing environmental DNA approaches for optimizing aquatic ecosystem monitoring and ecological assessment” en la estación marina de Plentzia (PiE-UPV/EHU). La investigación, dirigida por Naiara Rodríguez-Ezpeleta, se enmarca dentro de los proyectos europeos DIADES, BIOcean5D y OBAMA-NEXT y GENGES.

Su investigación hace una evaluación crítica el uso del análisis de ADN ambiental (eDNA) para monitorizar las poblaciones de peces diádromos en los sistemas fluviales europeos y evaluar el estado ecológico de los entornos estuarinos. Su trabajo ha destacado cómo las decisiones metodológicas —desde el diseño del muestreo hasta los marcos analíticos— influyen en la interpretación ecológica y la fiabilidad de los datos de eDNA. En paralelo, Mukesh ha llevado a cabo una revisión exhaustiva de las aplicaciones del eDNA en la pesca tropical, evaluando los desafíos científicos y logísticos para su implementación en regiones biodiversas pero con limitación de datos, como la India. Con el apoyo de la prestigiosa Beca Internacional Netaji Subhas ICAR, ahora regresa a la India para continuar su investigación en el ICAR-National Institute of Abiotic Stress Management (India), equipado con nuevas perspectivas y herramientas para avanzar en la gestión de recursos pesqueros y la evaluación de ecosistemas.

Resumen de la tesis (en inglés)

This work presents a critical and integrative evaluation of environmental DNA (eDNA) analysis for aquatic ecosystem monitoring, with a focus on ecological interpretability, methodological performance, and its incorporation into assessment frameworks. Through applications of targeted (qPCR, dPCR) and community-level (metabarcoding) approaches in European freshwater and estuarine systems, the study shows that eDNA outcomes are shaped by biological complexity as well as technical decisions—such as sampling design, assay sensitivity, capture method, and ecological index calibration.
Results reveal distinct detection dynamics for key diadromous species: while shads were consistently detected by both qPCR and dPCR, sea lamprey required the enhanced sensitivity of dPCR, reflecting species-specific ecology and shedding patterns. Metabarcoding assessments provided broader community insights and, when integrated into ecological indices, yielded classification results aligned with traditional methods—though with a need for recalibrating class boundaries and thresholds.
A systematic review further examined the prospects of transferring these methodologies to tropical ecosystems, highlighting challenges such as reference database gaps, standardization needs, and ecological complexity. The thesis emphasizes that eDNA should not be treated as a standalone tool, but as a methodological approach whose utility depends on strategic choices, ecological context, and robust calibration for accurate and meaningful ecosystem assessment.