AZTI dispone de una flota propia y colaborativa que respalda la investigación oceanográfica y pesquera, combinando medios propios con el apoyo de empresas especializadas e instituciones públicas. Esta capacidad garantiza la realización de campañas científicas en mar abierto y en zonas costeras con un alto nivel técnico y de seguridad.
Propiedad del Gobierno Vasco, está equipado con un sistema de navegación híbrido, así como con laboratorios seco y húmedo para análisis a bordo. Se utiliza en campañas de muestreo con sondas especializadas y navegación por satélite.

Cuenta con sonda multihaz, sistemas de cartografía de fondos marinos y equipos de buceo, lo que la convierte en una herramienta versátil para estudios en aguas costeras.

Se destinan a trabajos auxiliares en mar abierto y en zonas litorales de difícil acceso.

AZTI amplía su capacidad operativa mediante la colaboración con empresas como EKOCEAN, KOTAZERO y SOS, así como con instituciones públicas como la Secretaría General de Pesca y el IEO-CSIC, que aportan embarcaciones y soporte técnico para campañas científicas y técnicas.

La flota se complementa con un equipo especializado integrado por personal investigador, patrones y submarinistas profesionales, junto con una amplia gama de instrumentación oceanográfica: CTDs, ADCPs, dragas, correntímetros, boyas de deriva, sondas, redes y otros equipos esenciales para la observación y muestreo en el medio marino.
Sectores: Infraestructuras marítimas y portuarias, Sector offshore, Sector pesquero y acuícola
Lineas de investigación: Biotecnología, Cambio climático, Gestión ambiental de mares y costas, Oceanografía operacional, Pesca y acuicultura eficiente y sostenible
Sublíneas de investigación: Acuicultura, Adaptación al cambio climático, Biotecnología azul, Conservación y Restauración de Especies y Hábitats Marinos, Evaluación de Bienes y servicios ecosistémicos, Evaluación del Estado de Salud del Medio Marino, Gestión pesquera sostenible, Gestión y planificación espacial marina, Impacto y vigilancia ambiental en el medio marino, Modelización Oceánico-Costera, Observación e impacto del cambio climático, Observación y monitorización en tiempo real, Tecnologías pesqueras, Tendencias y escenarios del cambio climático