AZTIk flota propioa eta kolaboratiboa du, ikerketa ozeanografikoa eta arrantza babesten dituena, bere baliabideak enpresa espezializatuen eta erakunde publikoen laguntzarekin konbinatuz. Gaitasun horrek itsaso zabalean zein kostaldean kanpaina zientifikoak teknika eta segurtasun maila handiz egitea bermatzen du.
Eusko Jaurlaritzaren jabetzakoa, nabigazio hibridoko sistema batez hornituta dago, eta ontzi barruan analisiak egiteko laborategi lehorra eta hezea ditu. Zunda espezializatuak eta satelite bidezko nabigazioa dituelarik, laginketa kanpainetan erabiltzen da.
Sorta anitzeko zunda, itsas hondoetako kartografia sistemak eta urpekaritza ekipoak ditu, eta kostaldeko uretan azterketak egiteko tresna moldagarria da.
Itsaso zabaleko zein iristen zailak diren itsasertzeko lan osagarrietara bideratzen dira.
AZTIk EKOCEAN, KOTAZERO eta SOS enpresekin lankidetzan handitzen du bere ahalmen operatiboa, baita Arrantza Idazkaritza Nagusiarekin eta IEO-CSICekin ere, zeinek ontziak eta laguntza teknikoa ematen baitituzte kanpaina zientifiko eta teknikoetarako.
Flota ikertzaileak, patroiak eta urpekari profesionalak dituen talde espezializatu batekin osatzen da, tresneria ozeanografikoko gama zabal batekin: CTD, ADCP, dragak, korronte neurgailuak, jitoko buiak, zundak, sareak eta itsas inguruneko behaketa eta laginketarako funtsezko beste ekipo batzuk.
Sektoreak: Arrantza eta akuikulturako sektorea, Itsas eta portu-azpiegiturak, Offshore sektorea
Ikerketa lerroak: Arrantza eta akuikultura eraginkorra eta jasangarria, Bioteknologia, Itsaso eta kostaldeko ingurumen-kudeaketa, Klima Aldaketa, Ozeanografia operazionala
Ikerketa-azpilerroak: Akuikultura, Arrantzarako teknologiak, Arrantzaren kudeaketa jasangarria, Behaketa eta monitorizazioa denbora errealean, Bioteknologia urdina, Ekosistemaren ondasun eta zerbitzuen ebaluazioa, Itsas espezie eta habitatak kontserbatzea eta leheneratzea, Itsas ingurunearen osasun-egoeraren ebaluazioa, Itsas inguruneko ingurumen-inpaktua eta zaintza, Itsasoko espazioaren kudeaketa eta planifikazioa, Klima-aldaketara egokitzapena, Klima-aldaketaren behaketa eta inpaktua, Klima-aldaketaren joerak eta eszenarioak, Ozeanoaren eta kostaldearen modelizazioa